## Uses of Interface
org.biojava.bio.program.homologene.OrthoPairSet

Packages that use OrthoPairSet
org.biojava.bio.program.homologene: Support classes for Homologene data.

Uses of OrthoPairSet in org.biojava.bio.program.homologene

Classes in org.biojava.bio.program.homologene that implement OrthoPairSet
`class` `AbstractOrthoPairSet` represents the Homologene Group.
`class` `SimpleOrthoPairSet` a no-frills implementation of a Homologene Group

Methods in org.biojava.bio.program.homologene that return OrthoPairSet
`OrthoPairSet` `SimpleHomologeneDB.createOrthoPairSet()`
`OrthoPairSet` `HomologeneDB.createOrthoPairSet()` Create a Homologene Group.
`OrthoPairSet` `OrthoPairSet.filter(OrthoPairFilter filter)` filter an OrthoPairSet
`OrthoPairSet` `AbstractOrthoPairSet.filter(OrthoPairFilter filter)`
`OrthoPairSet` `SimpleOrthoPairCollection.Iterator.nextSet()`
`OrthoPairSet` `OrthoPairCollection.Iterator.nextSet()` returns the next OrthoPairSet

Methods in org.biojava.bio.program.homologene with parameters of type OrthoPairSet
`boolean` `OrthoPairSetFilter.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.AcceptAll.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.Not.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.Or.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.And.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.Xor.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.ByTaxon.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.ByMinIdentity.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.AllPairsInCollection.accept(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairSetFilter.SomePairsInCollection.accept(OrthoPairSet group)`
`void` `SimpleOrthoPairCollection.add(OrthoPairSet group)`
`void` `OrthoPairCollection.add(OrthoPairSet group)`
`abstract void` `AbstractOrthoPairCollection.add(OrthoPairSet group)`
`boolean` `SimpleOrthoPairCollection.contains(OrthoPairSet group)`
`boolean` `OrthoPairCollection.contains(OrthoPairSet group)`
`abstract boolean` `AbstractOrthoPairCollection.contains(OrthoPairSet group)`