H_beta_3 = Atom('h')
H_delta_2 = Atom('h')
H_delta_3 = Atom('h')
C_zeta = Atom('c')
C_delta = Atom('c')
C_beta = Atom('c')
H_gamma_3 = Atom('h')
H_gamma_2 = Atom('h')
H_epsilon = Atom('h')
H_eta_1_1 = Atom('h')
C_gamma = Atom('c')
H_eta_2_1 = Atom('h')
H_eta_2_2 = Atom('h')
H_eta_1_2 = Atom('h')
N_epsilon = Atom('n')
N_eta_2 = Atom('n')
H_beta_2 = Atom('h')
N_eta_1 = Atom('n')
bonds = [Bond(H_beta_2, C_beta), Bond(H_beta_3, C_beta), Bond(C_gamma, C_beta), Bond(H_gamma_2, C_gamma), Bond(H_gamma_3, C_gamma), Bond(C_delta, C_gamma), Bond(H_delta_2, C_delta), Bond(H_delta_3, C_delta), Bond(N_epsilon, C_delta), Bond(H_epsilon, N_epsilon), Bond(C_zeta, N_epsilon), Bond(N_eta_1, C_zeta), Bond(H_eta_1_1, N_eta_1), Bond(H_eta_1_2, N_eta_1), Bond(N_eta_2, C_zeta), Bond(H_eta_2_1, N_eta_2), Bond(H_eta_2_2, N_eta_2), ]
name = 'arg_sidechain'
pdbmap = [('ARG', {'1HH1': H_eta_1_1, '1HH2': H_eta_2_1, '3HG': H_gamma_3, '3HD': H_delta_3, '3HB': H_beta_3, 'HE': H_epsilon, '2HG': H_gamma_2, 'NE': N_epsilon, '2HB': H_beta_2, 'NH2': N_eta_2, 'NH1': N_eta_1, 'CZ': C_zeta, 'CD': C_delta, 'CG': C_gamma, 'CB': C_beta, '2HD': H_delta_2, '2HH1': H_eta_1_2, '2HH2': H_eta_2_2, }, ), ]
pdb_alternative = {'1HB': '3HB', '1HD': '3HD', '1HG': '3HG', 'HB2': '2HB', 'HB3': '3HB', 'HB1': '3HB', 'HH11': '1HH1', 'HH12': '2HH1', 'HH21': '1HH2', 'HH22': '2HH2', 'HG1': '3HG', 'HG3': '3HG', 'HG2': '2HG', 'HD1': '3HD', 'HD2': '2HD', 'HD3': '3HD', }
amber_atom_type = {H_eta_2_2: 'H', H_eta_1_1: 'H', H_delta_2: 'H1', H_beta_3: 'HC', N_epsilon: 'N2', C_delta: 'CT', N_eta_1: 'N2', H_epsilon: 'H', C_zeta: 'CA', H_eta_1_2: 'H', N_eta_2: 'N2', C_beta: 'CT', H_gamma_2: 'HC', H_gamma_3: 'HC', H_beta_2: 'HC', H_eta_2_1: 'H', C_gamma: 'CT', H_delta_3: 'H1', }
