#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

# Minimization and Equilibration of 
# Alanine Dipeptide solvated with 607 waters


#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################

structure		../structure/ala_w_607_water.psf
coordinates		../structure/ala_w_607_water.pdb

set temperature		300
set outputname		../output/ala_w_607_water/ala_w_607_water

firsttimestep		0


#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################

# Input
paraTypeCharmm		on
parameters		../parameters/par_all27_prot_lipid.inp 
temperature		$temperature


# Force-Field Parameters
exclude			scaled1-4
1-4scaling		1.0
cutoff			8.5
switching		on
switchdist		5.
pairlistdist		10.


# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1	40  0   0
cellBasisVector2	0   40  0
cellBasisVector3	0   0   40
cellOrigin		2.93417620659 1.18202984333 -0.0237977247238
margin			30

wrapAll			on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSizeX        24
PMEGridSizeY        24
PMEGridSizeZ        24

# Integrator Parameters
timestep		1	;# 1fs/step
rigidBonds		all	;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq		1
fullElectFrequency	2  
stepspercycle		10

# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     5     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    on    ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Output
outputName		$outputname
binaryoutput		no
restartfreq		500	;# 500steps = every 1ps
dcdfreq			500
outputEnergies		100
outputPressure		100

# Pressure Control
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

#langevinPiston        on
#langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
#langevinPistonPeriod  100.
#langevinPistonDecay   50.
#langevinPistonTemp    $temperature

BerendsenPressure			on
BerendsenPressureTarget			1.01325 # bar
BerendsenPressureCompressibility	4.57E-5 # bar
BerendsenPressureRelaxationTime		100 ;# fs
BerendsenPressureFreq			10 # timesteps


#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################

# Spherical boundary conditions
#sphericalBC         on
#sphericalBCcenter   0.0, 0.0, 0.0
#sphericalBCr1       10.0
#sphericalBCk1       12
#sphericalBCexp1     2


#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################

# Minimization
minimize		1000
reinitvels		$temperature

# Equilibration
run			500000	;# 500ps
